黄连的主要功效有清热解毒，清热燥湿，清热凉血，清热利咽的作用，还有清心火的作用。能够治疗小肠火盛所引起的尿频，尿急，尿痛，也可以治疗肠道肌肉所引起的便秘，还可以治疗肺热所造成的皮肤疾病。黄连经常是入药使用，黄连比较苦一般不用泡水。

这两个药物的加在一起，是属于中医名方“六一丸”的组成，是属于清火之剂，对于肝经火旺而引起，呕吐酸水，痞满嘈杂，胁肋疼痛的病症有治疗作用。黄连与吴茱萸的比例为六比一，故名六一丸。如果在此药基础上加上芍药一味，名为戊已丸，以加强调肝脾的作用。

黄连性寒，在怀孕期间不可以喝的，以免引起流产的发生，平时可以多喝白开水即可，再者在怀孕期间，一定要注意休息，加强营养，在前三个月是需要服用叶酸的，中期是需要补钙的，在前后三个月不可以同房的，平时的饮食要以清淡为主，不可以吃易导致流产的食物，如山楂、芦荟、螃蟹等。