莲花的别称有：荷花、芙蕖、芬陀利花、水芝、水芸、水目、泽芝、水华、中国莲、六月花神、藕花、灵草、玉芝、水中芙蓉、水宫仙子、君子花，天仙花、红蕖、溪客、碧环鞭蓉、鞭蕖、金芙蓉、草芙蓉等25种；以其生长习性命名：水芝、水花、水芸、水旦、水目、泽芝：由于荷花是多年生宿根水生植物，故古人将其归为水草类，取名多为“水”字起头。

以荷花圣洁高雅的气质命名：君子花、凌波仙子、水宫仙子、玉环等；为了表达对荷花高洁形态的赞赏，以金芙蓉和草芙蓉比喻荷花品性的难得。

在文学或艺术作品中，荷花叫做“朱华”莲花、芙蕖、芬陀利花、水芝、水芸、水目、泽芝、水华、菡萏（hàndàn）古人称未开的荷花为菡萏,即花苞、水旦草、芙蓉、水芙蓉、玉环、六月春、中国莲、六月花神、藕花、灵草、玉芝、水中芙蓉、水宫仙子、君子花，天仙花、红蕖、溪客、碧环鞭蓉、鞭蕖、金芙蓉、草芙蓉、静客、翠钱、红衣、宫莲、佛座须等。

在中药里牡丹花，天茄花，天仙花三种都是毒性中药材.