是用来治疗原虫感染、毛滴虫感染。例如泌尿生殖感染、阿米巴原虫感染。也可以治疗厌氧菌感染，比如败血症、脑膜炎、腹膜炎、手术后伤口感染、子宫内膜炎以及敏感菌等引起的其它的感染，也可以预防各防各种手术后厌氧菌感染。

奥硝唑胶囊的主要作用是抗毛滴虫感染，抗厌氧菌感染，抗阿米巴原虫感染，与甲硝唑并没是大的区别。在临床上，奥硝唑胶囊可以用于治疗因厌氧菌感染引起的牙周炎、毛囊炎、呼吸系统感染性疾病。也可以用于毛滴虫感染引起的滴虫性阴道炎、阿米巴原虫感染引起的阿米巴痢疾的治疗。

奥硝唑主要是抗菌作用，奥硝唑属于硝基咪唑类的抗菌药物，针对厌氧菌具有较强抗菌作用，干扰病原菌的代谢过程起到抗菌活性作用。